Eero Lauri Juhana Huovinen syntyi Helsingissä vuonna 1944. Opiskeluaikana hän toimi mm. avustajana Malmin seurakunnan nuorisotyössä ja uskonnon tuntiopettajana Oulunkylän yhteiskoulussa. Hänet vihittiin papiksi Turun tuomiokirkossa vuonna 1970.
Ennen piispaksi tuloaan Eero Huovinen työskenteli Helsingin yliopiston teologisessa tiedekunnassa. Hän väitteli teologian tohtoriksi vuonna 1978 ja toimi viime vaiheessa dogmatiikan professorina ja tiedekunnan dekaanina. Hänen tutkimustyönsä kohdistui Martti Lutherin ajatteluun ja uudempaan roomalaiskatoliseen teologiaan. Ulkomaiset yhteydet ovat suuntautuneet erityisesti pohjoismaihin, Saksaan ja Italiaan.
